婴幼儿消化系统发育不良，各种消化酶的分泌较少，活力较低，对食物的耐受力差不能适应食物质、量的较大变化，因生长发育快，所需营养物质相对较多，消化道负担较重，经常处于紧张状态，易于发生消化功能紊乱。胃内酸度比成人低，抗菌能力差，血液中免疫球蛋白和胃肠道SIgA均较低，易患肠道感染。

小儿腹泻可由非感染和感染性原因引起：

（一）感染性因素

1．肠道外感染因素

小儿有中耳炎，上呼吸道感染，肺炎，肾盂肾炎，皮肤感染或者是急性传染病时，可并发腹泻症状。

2．肠道内感染性因素

细菌，病毒，霉菌和寄生虫等侵入胃肠道亦可引起腹泻，称为感染性腹泻。感染性腹泻最常见的病原体是病毒和细菌。

（二）非感染性因素

1．过敏性因素

有些婴儿对某些食物过敏时也出现腹泻症状，而且可能是对有些蛋白质过敏引起的，可改用其他蛋白质饮食。

2．喂养不当

小儿喂养不当，如过多或过少，喂养时机把握不当，突然改变食物成分，过早喂淀粉类食物（如刚满月即喂奶糕）或脂肪类食物，骤然断奶等，都会使孩子消化道不能适应而致腹泻。腹泻即便停止，一般需要２周才能完全修复，饮食的量或营养的增加应循序渐进。如果家长以为大便好转病也就好了，立即给孩子恢复正常饮食，甚至增加饮食量或营养成分，结果使肠黏膜负担过重，引起胃肠功能再度紊乱而继续腹泻。

3．糖消化吸收不良

少数小儿是由于先天性乳糖酶缺乏，多数是由于急性肠炎时较大面积的损伤了小肠微绒毛造成双糖酶，尤其是乳糖酶的缺乏，导致糖类吸收不良，引起腹泻。

4．气候因素

春秋季节气温变化大，突然转冷，小儿腹部受凉，肠蠕动增加；天气过热使消化液分泌减少，口渴，吃奶过多，增加消化道负担而诱发消化不良性腹泻。

5．遗传代谢内分泌疾病和消化道畸形