第1阶段：潜伏期。孩子感染了病原?菌以后，一般都先有一个潜伏期，潜伏期的长短与感染的病原菌种类有关。如志贺氏菌感染的潜伏期大约为16-72小时，一般病毒的潜伏期大约在4-48小时。寄生虫的潜伏期更长，如贾第鞭毛虫的潜伏期大约1-3周。
第2阶段：发作期。潜伏期过后，孩子会有腹部不适、腹痛的感觉，随之出现腹泻。腹泻可能在几天内就痊愈，也可能持续两周以上。持续两周以上的腹泻就称为慢性腹泻或迁延性腹泻。腹泻时，特别是在急性期，大量的水分随大便丢失，很容易造成孩子脱水。而长期的慢性腹泻则使各种营养素的丢失增加，致使孩子营养不良，造成体重不增甚至下降，影响孩子的生长发育。
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