除极少数经利尿、脱水等治疗或未经治疗可缓解症状，停止发展外，绝大多数脑积水患儿需行手术治疗。手术治疗可分三类：

1、去除阻塞原因的手术；

2、减少脑脊液分泌的手术；

3、脑脊液分流术。

由于儿童脑积水的各种手术方式疗效不够满意，常用的分流术仅能在几年内保持有效，且有效率低，仅达50％～70％，故预后欠佳。有人总结202例儿童脑积水分流术，仅127例(62.2％)存活，其中34例(26.7％)自行停止而不再依赖于分流，大多数仍不能自行停止。即使分流术效果良好，至成人期也常有智力发育障碍。

另外，脑积水的预后和手术治疗的效果取决于有否合并其他异常。单纯性脑积水(不存在其他畸形的脑积水)比伴有其他畸形的脑积水(复杂性脑积水)的预后要好。通常伴有脑积水的畸形包括：脑穿通畸形、胼胝体发育不全、脑叶发育不全、积水性无脑畸形、小脑幕发育不全、Chiari畸形、前脑无裂畸形、蛛网膜囊肿、Galen静脉的动脉瘤等。患单纯性脑积水的婴儿，如果在生后3个月内进行分流手术，有可能发育为正常。